Nhà Taira nổi lửa đốt cung điện Rokuhara và các quận xung quanh, bỏ lại Minamoto no Yoshinaka với chỉ quân đội của các tỉnh xung quanh kinh đô. Được tiếp thêm sức mạnh từ sự ủy nhiệm của Thiên hoàng Go-Shirakawa truy kích nhà Taira và tiêu diệt họ, Yoshinaka một lần nữa cố giành lấy quyền kiểm soát gia tộc Minamoto và giành lại vùng đất của tổ tiên từ hai người anh em họ Yoritomo và Yoshitsune.

Trong khi đó, nhà Taira chốn chạy, lập nên một triều đình tạm thời tại Dazaifu ở Kyūshū, cực Nam quần đảo Nhật Bản. Họ sớm bị quân nổi dậy địa phương, khích lệ bởi Thiên hoàng Go-Shirakawa, đánh đuổi khỏi đây và phải đến trú ẩn ở Yashima, một hòn đảo nhỏ ở biển Seto.

Yoshinaka cử quân đuổi theo nhà Taira, trong khi đó, ông dẫn một đội quân thứ 2 quay về Kamakura để làm cản trở hành động của người anh em họ. Trong khi quân đội của ông thua nhà Taira tại Mizushima, Yoshinaka âm mưu với Yukiie đánh chiếm kinh đô, bắt giữ Thiên hoàng, thậm chí có thể lập một triều đình mới ở phía Bắc. Tuy vậy, Yukiie tiết lộ kế hoạch này với Thiên hoàng, rồi lại báo cho Yoritomo.

Bị Yukiie phản bội, Yoshinaka giành quyền chỉ huy Kyoto và, đầu năm 1184, nổi lửa đốt Hōjūjidono, bắt giam Thiên hoàng. Minamoto no Yoshitune đến ngay sau đó cùng người anh trai Noriyori và một đội quân lớn, đánh đuổi Yoshinaka khỏi thành phố. Sau khi giao chiến với những người anh em họ tại cây cầu bắc qua sông Uji, nơi chiến tranh bắt đầu, Yoshinaka trụ lại đến trước trận cuối cùng tại Awazu, tỉnh Ōmi.